Вильнюсская староверческая религиозная община – одна из самых крупных общин в странах Балтии. Основана община в 1830 году. Моленная была сооружена в 1830 году и занимала отдельную половину деревянного дома на кладбищенской земле, ранее приобретённой и подаренной Вильнюсской общине староверческими купцами Андобургским и А. Я. Новиковым. Первым духовным наставником в общине был Осип Авдеевич Андреев.

В 1830-х годах Вильнюсская староверческая община насчитывала более 250 прихожан.

Весной 1838 года Вильнюсская староверческая община закончила перестройку храма, расширив его в длину и ширину. Между тем община постепенно росла. В 1870 году здание храма было ещё раз перестроено.

В 1880-х годах Вильнюсская староверческая община насчитывала уже около 3,5 тысяч прихожан. За 50 лет своего существования молитвенный дом обветшал и своими размерами далеко не отвечал потребностям общины. На щедрые пожертвования руководителя Вильнюсской общины Григория Симеоновича Ломоносова в 1885 году построено одноэтажное каменное здание богадельни для престарелых и больных прихожан.

В 1900 году новому попечителю Вильнюсской староверческой общины Аристарху Пимонову удалось получить разрешение Сената и Виленского генерал-губернатора Троцкого на перестройку каменного здания богадельни в храм, куда планировалось перенести его из деревянной моленной. 14 октября 1901 года, в день храмового праздника Покрова Пресвятой Богородицы, состоялось торжественное освящение нового храма с великолепным внутренним убранством и иконостасом и перенесение Евангелия и икон из старого храма в новый. Наряду с иконами старинного письма были новые, написанные по заказу местным иконописцем Ф. Романовым. Одновременно, 14–16 октября, в храме состоялся первый местный съезд духовных наставников.

В 1905 году храм окончательно обрёл внешний вид церкви.

15 марта 1907 года Вильнюсская староверческая община впервые зарегистрирована властями. На общем собрании прихожан избран новый совет общины во главе с А. Пимоновым и разработан устав.

В 1908 году при храме построено деревянное здание для причта, где устроены квартиры для наставников и помещение для приходской школы.

В начале Первой мировой войны Вильнюсская староверческая община организовала при своём храме пункт питания для беженцев староверов, главным образом из Сувалкской губернии. Осенью 1915 года в связи с наступлением германских войск храм лишился колоколов, которые снова были установлены лишь в 1931 году. Все постройки Вильнюсской староверческой общины были заняты немецкими войсками, старое кладбище подверглось осквернению. С приходом к власти в России большевиков, конфисковавших все банковские вклады, Вильнюсская староверческая община лишились своих денежных сбережений и средств и обеднела.

1920–1939 годы для религиозной жизни Вильнюсской староверческой общины были наиболее благополучными за всю её историю, несмотря на критическое послевоенное время:

• в 1922 году заново открыта староверческая школа, в 1932 году ставшая государственной школой с семилетним сроком обучения;
• 14–16 октября 1925 года в Вильнюсской староверческой общине состоялся 1-ый Всепольский съезд старообрядцев (2-ой – в 1930 году, 3-ий – в 1936 году);
• в 1927 году в храме проведён ремонт – обновлён лепной орнамент на внутренних стенах в древнем стиле, на потолке изображён рельефный восьмиконечный крест, приобретено 36-свещное паникадило (дар В. Пимонова);
• в 1929 году при вильнюсском храме организован хор певчих под управлением П. М. Антонова, разделённый по клиросам на мужской и женский. В том же году Вильнюсская староверческая община пригласила иконописца Ивана Ипатьевича Михайлова, проработавшего в общине долгие годы и до 1940 года украсившего иконостас и притвор Свято-Покровского храма;
• в 1930–1931 годы один из церковных домов переустроен под приют-богадельню для беднейших прихожан (крупное пожертвование семьи А. Пимонова), открыта столовая для нуждающихся прихожан Вильнюсской общины, в которой лишь с 3 февраля 1930 года по 15 мая 1931 года было роздано более 22 тысяч бесплатных обедов.

В 1930 году Вильнюсская староверческая община торжественно отметила 100-летие своего существования. На торжества прибыли представители всех староверческих общин Польши, Латвии, Эстонии и др. В эти годы община насчитывала около 4600 прихожан. Наставником в это время был Тимофей Кузьмич Яковлев, прослуживший здесь более 40 лет и пользовавшийся большим уважением среди прихожан.

В годы Второй мировой войны Вильнюсская староверческая община понесла тяжёлые потери. Некоторые прихожане были арестованы, часть была вынуждена эмигрировать на запад. Часть имущества была национализирована, закрыта староверческая школа, запрещено преподавание религии в государственных школах и т. п. Несмотря на все преграды, прихожане сумели сохранить церковное имущество вильнюсского храма от разграбления нацистами, его здание пострадало, но всё-таки уцелело от разрушения и взрыва при отступлении немецких войск.

В 1945–1948 годы проведён большой ремонт храма.

В 1950 году Вильнюсская староверческая община насчитывала около 4 тысяч прихожан, а уже в 90-ых годах их было более 10 тысяч.

В 1970-1980-е годы Свято-Покровский храм вновь основательно ремонтировался и благоустраивался. В 1973 году построен двухэтажный кирпичный дом, в котором находилась канцелярия Высшего Совета Церкви, канцелярия общины и квартира духовного наставника.

В 1990 году старанием духовного наставника Алексия Васильевича Боярова при Вильнюсском храме была открыта воскресная религиозная школа, позже – кружок церковного пения.

В 2004 году усилиями председателя общины Григория Алексеевича Боярова и совета общины были обновлены купола храма: жестяное покрытие заменено на титановое, покрытое нитридом титана (прочное покрытие с золотистым напылением).

В 2009 году стараниями духовного наставника общины при храме открыто новое староверческое кладбище.

В 2012–2014 годах реконструирован и расширен общинный дом. В трёхэтажном здании находится канцелярия Вильнюсской общины, канцелярия Высшего Совета Церкви, комната для отдыха причетников, квартира духовного наставника, имеется зал для проведения религиозно-просветительских мероприятий.

В настоящее время Вильнюсская староверческая община насчитывает около 12 тысяч прихожан (около 5 тысяч исповедников в год). В Свято-Покровском храме совершается весь круг богослужений, предусмотренных Церковным Уставом. При общине действует воскресная школа. С 2007 года духовным наставником общины является о. Григорий Алексеевич Бояров. Наряду с поморскими общинами Риги, Даугавпилса, Санкт-Петербурга и Москвы, Вильнюсская община – одна из самых больших и влиятельных поморских общин в мире.

14 октября 2020 года в храмовой праздник Покрова Пресвятой Богородицы состоялся торжественный молебен и крестный ход в честь 190-летия основания общины.