С начала своего основания в первой четверти XIX в. Каунасская община занимала важное место среди староверческих приходов каунасского региона, затем всей Литвы и даже бывшего СССР. И в настоящее время эта особенность общины сохраняется, хотя ее судьба в XX в. претерпела существенные изменения.
Указ царя Николая II о началах веротерпимости в Российской империи в 1905 г. завершил длинный период притеснений и против каунасских староверов. Уже в конце 1905 г. в Каунасе состоялся уездный съезд поморцев, избравший представителей на региональный староверческий съезд в Вильнюсе. В условиях религиозной свободы и мощного подъема староверия в Российской империи начала устраивалась и Каунасская община. 22 мая 1906 г. состоялось освящение храма во имя Святителя Николы Чудотворца. Храм исполнен в «русском стиле» из красного кирпича. В западной его части возвышается колокольня, увенчанная слегка приплюснутой луковицей и восьмиконечным крестом; в восточной части двухскатной крыши размешена маленькая башня с крестом. Декор фасадов моленной – скромный, лаконичный. Это был один из первых староверческих каменных храмов в тогдашней Литве. Храм служит общине и по ныне.
В годы первой Литовской Республики (1918–1940) Каунасская община объединила не только местных староверов в городе и её округе. Впервые в течение 250-летней истории староверия Литвы Каунасская община тогда сыграла решающую, став средоточием церковной и духовной жизни поморцев всей страны (в 1920–1939 гг. Вильнюс принадлежал Польше). В 1922 г. в Каунасе прошел съезд староверов Каунасского уезда, послуживший толчком к объединению староверия в новых политических условиях. В Свято-Никольском храме состоялись восемь Вселитовских соборов староверов и съезды духовных наставников Литвы. Здесь заседал Центральный Старообрядческий Совет и Духовная комиссия, объединявшие 53 (54) староверческие общины. Важным событием стало проведение в 1931–1933 гг. Литовских старообрядческих духовных курсов по подготовке наставников, причетников и вероучителей. 12–14 апреля 1939 г. в Каунасе проходило заседание межгосударственной предсоборной комиссии по подготовке программы первого съезда староверов стран Балтии и Польши.
Таким образом, в 20–30-е гг. XX столетия из скромного религиозного очага в бывшей Каунасской губернии община превратилась в один их крупных духовных и религиозно-просветительских центров в странах Балтии и Польше.
После 1945 г. Каунасская община была важным духовным центром поморцев в Литве, хотя главный центр поморцев тогда уже переместился в Вильнюс. Эта особенность общины связана прежде всего с именем о. Иосифа Ивановича Никитина, в 1950–1993 гг., на протяжении 43 лет, служившего ее наставником. В трудных годы антирелигиозной политики советского правительства он внес большой вклад не только в объединение и укрепление своей общины. Более 45 лет работая в Духовной Комиссии и Высшем Старообрядческом Совете Литвы, долгие годы будучи председателем Духовной комиссии, он внёс огромный вклад в дело единения, просвещения и укрепления поморского староверия в СССР в целом.
До 1989 г. Высшем Старообрядческий Совет в Литве оставался единственным официальным духовным центром староверов-беспоповцев в СССР, опекавшим около 360 старообрядческих общин в стране и некоторые общины за рубежом. Именно неутомимая энергия и авторитет И. И. Никитина сделала в конце 1960–1980-х гг. Каунасскую общину важным центром поморского староверия в СССР. Сюда стекались письма, вопросы и пожелания из многих поморских общин Литвы, Латвии, России и других краев бывшего СССР. В Каунасе благословлялись некоторые наставники для российских общин, разрабатывались важные решения канонического и религиозно-нравственного характера, которые потом обсуждались и часто принимались на соборах Древлеправославной Поморской Церкви.
В настоящее время это одна из наиболее крупных общин Литвы. Каунасская община является вторым (после Вильнюсской общины) по значению духовным центром поморцев Литвы. Она была и остается одной из самых больших поморских общин в странах Балтии, Польше, Белоруссии и России, насчитывающей от 4 до 6 тысяч прихожан.
Её возглавляет духовный наставник, зам. председателя Высшего Совета ДПЦ Литвы о. Сергий Иванович Краснопёров. Председатель общины, член Высшего Совета ДПЦ Литвы – Феодор Артемьевич Пономарёв. В 2006 году община торжественно отметила 100-летие каунасского Свято-Никольского храма.
С общиной связаны имена известных деятелей Древлеправославной Поморской Церкви Литвы XX в. – председателей Центрального Старообрядческого Совета Василия Алексеевича и Иоанна Алексеевича Прозоровых, председателя Духовной Комиссии наставника о. Иосифа Ивановича Никитина, знатоков знаменного пения головщика Петра Ивановича Линева, наставников о. Владимира Диомидовича Панцырева и о. Иоанна Хрисанфовича Фёдорова и др.